1925年11月8日，蔣介石在汕頭（另有在潮州召開的說法）召開有東征軍各部高級將領參加的軍事會議，討論確定了整頓地方行政以及對竄入福建的陳炯明殘部的處置方法等問題。

　　整個東江地區，是陳炯明、林虎等軍閥勢力盤踞多年的老巢，他們同香港的帝國主義勢力有著千絲萬縷的聯系。第一次東征勝利后，由于東征軍迅速回師討伐楊劉叛亂，沒有及時鞏固在東江地區的革命成果，僅有的一些部署也被卷土重來的陳炯明勢力破壞殆盡。第二次東征勝利，雖然將陳炯明的軍事力量徹底擊潰，但如何將局面穩定下來，迅速建立起廣州革命政府的統治，防止陳炯明叛軍死灰復燃，成為東征軍工作中的重中之重。據東征軍參謀團鄧演存等四人當時所寫的《東征參戰報告》中記載，由于陳炯明叛軍久駐東江，對國民政府及革命軍采取了大量“極端之誣捏”的宣傳，以致 “當東征軍開抵石龍等處，各界民眾(尤其是商民)多相率逃避，使我軍出發需要之夫役，及各種物品均無從雇傭”。因此，如何迅速建立起廣州革命政府在這個地區的統治，打破陳炯明對革命政府的反動宣傳，是亟需解決的問題。

　　11月8日上午，東征軍參加了由當地各學校和工會召開的歡迎大會。會后，蔣介石召開各師將領軍事會議，討論安定地方局勢、對竄入福建境內的陳炯明叛軍殘部的處置辦法、收編被擊潰的小股叛軍等問題。當時的情況是，叛軍的指揮熊略將尚在前方的林烈和退守老隆的林國光等人集合在一起，在敗局已定的情況下，熊略讓各路叛軍將領率部退往福建和江西，準備像第一次東征后那樣東山再起。東征軍將領經過討論，一致認為，為鞏固東征成果，防止叛軍卷土重來，必須徹底消滅陳炯明殘部。蔣介石部署了分三路進剿逃往福建叛軍的計劃：何應欽率（第二天，何應欽在汕頭又被任命為潮梅善后督辦）東征軍第一縱隊主力從饒平出分水關；譚曙卿（原指揮李濟深已經調往南路參加對鄧本殷的戰斗，由譚曙卿接手指揮職務）率第二縱隊由大埔入福建平和；程潛率第三縱隊由梅縣入松口攻福建永定；總指揮部移至梅縣留隍，并確定后方工作由總政治部主任周恩來主持。

　　周恩來進行的工作主要有兩方面。一方面開展同當地舊勢力的斗爭。周恩來首先布告嚴禁煙賭，蔣介石更是在群眾大會上宣傳煙賭之害，稱革命政府決定永遠禁絕，博得潮汕群眾的一致贊同。此后，周恩來又先后下令，將有貪污行為的揭陽縣長曾靖圣、五華縣稅務局長張谷山等撤職查辦；整頓教育，將梅縣師范校長黃柏聲撤職；制裁毒害東江人民的鴉片商，宣布查辦陳有利、陳堅夫販賣煙土案；取締各縣劣紳把持的縣議會；改組由工賊控制的人力車工會和小販工會。另一方面，周恩來在東江地區著手建立新的政權機構和群眾組織。在東征進軍過程中，有些縣長由周恩來電請廣東省政府任命。到汕頭后，他選派國民黨左派陳卓凡等擔任揭陽等縣縣長。接著，又委派東江各縣的檢察官。他還在各縣遣派特派員，負責領導當地的群眾組織，如農會、工會、婦女協會等。由于周恩來還兼任國民黨東江各地黨務組織主任，他派特派員到潮安、揭陽、普寧、潮陽、惠來等縣去改組國民黨縣黨部，并參加了潮、梅、海陸豐各屬縣黨部在汕頭召開的代表大會。他召開多次軍民聯歡大會，召集各界民眾演講，還組織政治部人員張貼各種圖畫、標語，用淺顯易懂的形式宣傳廣州國民政府的政策以及革命軍東征的意義。蔣介石在潮汕的數天，戎馬倥傯之余，也積極配合周恩來的行動，到處視察、演說，宣傳東征的意義以及革命道理。

　　周恩來的工作很快取得了顯著成效。東江群眾“目睹本軍之紀律，始各安心來歸”，“均簞食壺漿以迎義師。關于給養及運輸，遂感莫大之便利”。16日，汕頭各界舉行“國民革命軍勝利祝捷大會”，工、農、商、學等數十團體、4萬余人自發參加，全市搭祝捷樓亭5座，結彩綴花，懸匾掛聯；會后各隊手持書寫標語的小旗游行，隊伍長10余里，蔣介石再次發表講話，著重解釋了“平均地權，節制資本”的含義。

　　在繼續追剿陳炯明叛軍方面，蔣介石更是不遺余力。他一面命令各部隊加緊追擊逃跑的叛軍，一面讓留守部隊收編被打散的叛軍。退至東江上游龍川江西交界的叛軍將領翁輝騰、葉柏質見大勢已去，率領兩千人投降。蔣介石還多次給控制福建的直系軍閥、福建軍務督辦周蔭人發去電報，要周蔭人協助收繳陳炯明叛軍殘部武器。周蔭人派使者與東征軍接洽，對東征軍持“友好態度”，并在一定程度上默許了東征軍進入福建追擊陳炯明叛軍。

　　此時，陳炯明本人并不在前線親自指揮，其主力被消滅后，他即由汕頭經廈門遠走上海。叛軍將領林虎早已灰心喪氣，他將兵權交給了劉志陸，自己離開部隊，跑到武漢向吳佩孚聯系“收編事宜”去了。其他人如熊略見叛軍已經土崩瓦解，也就放棄部隊，前往香港，林烈和林國光也跟著相繼離開。劉志陸勉強率殘余部隊竄到福建省武平縣烏鴉坡，以其部屬謝文炳、陳修爵兩個旅為主要骨干，將其他部隊改編為九個團，另稱“粵軍”、自充“主任”。東征軍第三縱隊隊長程潛探知劉志陸部立足未穩，擬經永定、上杭去贛南，正由大溪向永定前進。程潛一面電令中路馮軼裴部于14日上午8時以前到達下洋策應；一面率鄂軍蘇世安旅由大埔連夜向永定進發，于14日黎明到達葉坪山。程潛獲知劉志陸、“三黃散”部的烏合之眾五六千人（一說九千人，其中徒手者約一半）頭一天抵永定，尚無準備，遂果斷下令發起攻擊。經過兩小時的激戰，繳獲槍700余枝，子彈30萬發，馬40余匹，大炮2門，水旱機關槍4挺，俘千余人，其余敵人繼續向上杭潰退。蔣介石得到捷報后非常滿意，當即電請軍事委員會將程潛所部改編為國民革命軍第六軍，并推薦程潛任該軍軍長。東征軍第二縱隊第十一師陳濟棠部，則按照部署由饒平向閩南和平、詔安、云霄追擊叛軍洪兆麟殘部，將其中一部分繳械，剩余逃至漳州、石碼一帶的叛軍被閩軍張毅部繳械。東征軍指揮部見叛軍皆被擊潰，又考慮此時不應該大舉入閩，遂將追擊部隊撤回休整，并收集惠州、河源、淡水三處東征軍陣亡烈士遺骸返廣州安葬。

　　劉志陸見東征軍撤出福建，一面暫時喘息，一面對是否應該投降廣州革命政府一事征求將領們的意見。大部分叛軍將領認為：蔣介石曾迫走其上司粵軍總司令許崇智，囚禁過粵軍軍長梁鴻楷，還槍殺張國貞、楊錦隆、梁士鋒等粵軍將領，若是投降，恐怕不為蔣介石所容，因此建議投靠武漢的吳佩孚。是年冬天，陳炯明叛軍的最后一支部隊在林廷華的帶領下退入江西，被賴世璜收編，至此，盤踞東江多年的陳炯明叛軍被徹底根除，革命政府完全控制了廣東全境。